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配合內政部實施研發替代役制度，財政部同意，企業若經內政部分發僱用研發替代役男，義務役期期間需繳付給內政部研究發展費，可以比照適用研發投抵費用，享有扣抵所得稅的優惠。 財政部將會同經濟部專案認定，公司其依法向內政部繳納的研究發展費，可全額享有研發支出的投資抵減優惠。
內政部自今年起推動實施「研發替代役制度」，取代舊制國防工業訓儲制度，目的是為達成兵役公平性、待遇合理性與法源完整性。財政部指出，在研發替代役制度下，用人單位（公司）依替代役實施條例第60條之1第1項規定，應向主管機關（內政部）繳納研究發展費。
財政部2月13日表示，新制研發替代役制度與舊制國防工業訓儲制度，有役期長短不同的分別。研發替代役役期總計三年三個月，國防工業訓儲制度則達四年，一般義務役役期則統一為一年一個月。
依據內政部規定，需要研發替代役男的企業，在役男入營受訓的前四個星期，無需向內政部支付研究發展費，但當受訓期滿後至服滿替代役體位應服役之日（共一年）止，用人企業依規定要向內政部繳納研發費，財政部表示，企業支付給內政部的研發費亦可申請抵稅。
財政部說，依據替代役實 I條例第5條之3規定，經甄選錄取服研發替代役男，接受軍事基礎訓練及專業訓練前，應與用人單位簽訂書面契約。同條例亦規定，用人單位如未依規定繳納研究發展費，主管機關得依職權轉調研發替代役男至其他用人單位。顯示公司以替代役男從事研發工作，並無取巧浮報金額的疑虞。
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