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＊役男保障高人一等～
薪資待遇方面，研發替代役役男第二階段不需具備預官、預士資格，其薪資待遇，博士學位比照義務役預備軍官、碩士學位比照義務役預備士官之薪給，由內政部研發替代役基金核發予役男。此外，用人單位可提供役男業務實際需求所衍生之加班費、出差費，及針對表現優異役男給予非定期、非定額之激勵措施。
另為周全研發替代役役男於服役期間之照顧與保障，研發替代役制度特增列役男保險撫卹事項之規劃，針對第一階段及第二階段研發替代役役男，統一由內政部役政署投保全民健康保險、替代役役男一般保險及團體意外保險等三項保險，相關費用由研發替代役基金支付，大大提升役男於服役期間有關意外、病傷殘之保險金、撫卹金、慰問金等實值給付之照顧。
用人單位將明訂研發替代役役男第二、三階段之工作時間、請假、休假、出差、加班、激勵措施、考核及權利義務等事項，明訂於服勤管理規定及服務契約中。其約定內容除不得低於勞動基準法所定之最低標準外，亦不得違反勞動基準法、勞工退休金條例、勞工保險條例、替代役實施條例、研發替代役甄選訓練服役實施辦法等相關規定，且須將服勤管理規定及服務契約送交內政部役政署審核備查，以確實保障役男權益。
＊出國採低度管制，鼓勵與國際接軌～
依替代役役男出境管理辦法所規定，研發替代役役男得因用人單位業務需要，派往國內外接受與其職務有關之訓練進修，併同其他出國事由，期間合計以不超過應服役期二分之一為限。研發替代役役男派往國外時，用人單位應依其需要辦理駐外醫療保險，必要時，得加保兵災險，相關費用由用人單位支應。為考量用人單位業務國際化、人力資源培育需求，及鼓勵役男放眼全球與國際接軌之深意，對研發替代役役男之出國管理原則上採低度管理立場，未來將配合役期調整，給予更彈性化之研發役役男出國管理措施。
用人單位可因業務需求，依規定條件及期限申請研發替代役役男出國訓練進修，惟法律並未授權可因特定事故而延長研發替代役役男之役期，故於本制度無延長役男服役期限之原則下，用人單位可自行規劃役男於服役期滿後，續留單位服務之人事政策，惟應於事前與役男協商以達成共識。
薪資待遇方面，研發替代役役男第二階段不需具備預官、預士資格，其薪資待遇，博士學位比照義務役預備軍官、碩士學位比照義務役預備士官之薪給，由內政部研發替代役基金核發予役男。此外，用人單位可提供役男業務實際需求所衍生之加班費、出差費，及針對表現優異役男給予非定期、非定額之激勵措施。
另為周全研發替代役役男於服役期間之照顧與保障，研發替代役制度特增列役男保險撫卹事項之規劃，針對第一階段及第二階段研發替代役役男，統一由內政部役政署投保全民健康保險、替代役役男一般保險及團體意外保險等三項保險，相關費用由研發替代役基金支付，大大提升役男於服役期間有關意外、病傷殘之保險金、撫卹金、慰問金等實值給付之照顧。
用人單位將明訂研發替代役役男第二、三階段之工作時間、請假、休假、出差、加班、激勵措施、考核及權利義務等事項，明訂於服勤管理規定及服務契約中。其約定內容除不得低於勞動基準法所定之最低標準外，亦不得違反勞動基準法、勞工退休金條例、勞工保險條例、替代役實施條例、研發替代役甄選訓練服役實施辦法等相關規定，且須將服勤管理規定及服務契約送交內政部役政署審核備查，以確實保障役男權益。
＊出國採低度管制，鼓勵與國際接軌～
依替代役役男出境管理辦法所規定，研發替代役役男得因用人單位業務需要，派往國內外接受與其職務有關之訓練進修，併同其他出國事由，期間合計以不超過應服役期二分之一為限。研發替代役役男派往國外時，用人單位應依其需要辦理駐外醫療保險，必要時，得加保兵災險，相關費用由用人單位支應。為考量用人單位業務國際化、人力資源培育需求，及鼓勵役男放眼全球與國際接軌之深意，對研發替代役役男之出國管理原則上採低度管理立場，未來將配合役期調整，給予更彈性化之研發役役男出國管理措施。
用人單位可因業務需求，依規定條件及期限申請研發替代役役男出國訓練進修，惟法律並未授權可因特定事故而延長研發替代役役男之役期，故於本制度無延長役男服役期限之原則下，用人單位可自行規劃役男於服役期滿後，續留單位服務之人事政策，惟應於事前與役男協商以達成共識。
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